Ha sido tradición constante en la Iglesia la realización de concilios y sínodos. Ambos términos se usaron para designar a las asambleas de varios obispos y a las reuniones de un obispo con su Iglesia local.

El primer sínodo Diocesano de Loja, cuando la Diócesis recién empezaba a configurarse, fue convocado y presidido por el Administrador Apostólico Mons. José María Riofrio y Valdivieso. Se desarrollo del 17 al 31 de mayo de 1868 en tres sesiones con 25 participantes. Su finalidad era recordar, instaurar, conservar, animar, promover, defender la fe católica amenazada por doctrinas erróneas.

Los decretos de este sínodo están divididos es siete capítulos, cada uno con su respectiva temática.

Capítulo I: De la fe católica

Capitulo II: De los Sacramentos

Capitulo III: Del Culto Divino

Capitulo IV: Vida y Honestidad de Clero

Capítulo V: De los Párrocos

Capítulo VI: De los Vicarios Foráneos

Capitulo VII: Del uso de las campanas y aranceles